El espíritu Anabautista ha estado presente en el Ecuador desde los años cuarenta del siglo pasado por medio de misioneros de origen menonita en sociedades misioneras como Avant Ministries (antigua Gospel Missionary Union), World Radio HCJB, Mission Aviation Fellowship, Wycliffe Bible Translators y Sociedades Bíblicas Unidas.

La Iglesia Evangélica Menonita Ecuatoriana (IEME) está presente desde 1980, con sus respectivas congregaciones y sus diversos ministerios, fruto del trabajo misionero de Rosedale Mission;

La obra misionera de la Mennonite Mission Network se halla presente en el Ecuador desde 1990 y el trabajo de la “Consociedad Ecuador” a partir del 2000 y resultado de ello es la actual Iglesia Cristiana Anabautista Menonita del Ecuador (ICAME) a partir del 2001;

Un grupo de hermanos y hermanas evangelizados por menonitas misioneros en la Gospel Missionary Union, desde el 2000 han establecido la actual Iglesia Cristiana Menonita (ICME);

Al haber tres convenciones o denominaciones menonitas -IEME, ICAME e ICME- urge una institución de educación teológica superior de tradición anabautista en el país que brinde formación de los siervos y líderes de las diversas iglesias anabautistas y evangélicas en general;

El Instituto Bíblico Anabautista fue creado por la concurrencia de IEME, ICAME, ICME y la Consociedad Ecuador mediante el “Acuerdo de Educación Teológica entre Iglesias Anabautistas Menonitas en el Ecuador” suscrito el 10 de marzo de 2025 en la ciudad de Quito y ratificado el 20 de marzo de 2025.

Los artículos 4 y 5 del “Acuerdo de Educación Teológica entre Iglesias Anabautistas Menonitas en el Ecuador” y el Estatuto del IBA disponen normar el funcionamiento del Instituto.